熊猫星球正值百年庆典之际，全体熊猫们沉浸在欢乐的海洋之中，就在此时，邪恶的鼠司令向熊猫星球发起了进攻，将所有的熊猫都变成了小丑。太空熊猫（易小寅 饰）和它的好友们侥幸逃过一劫，一行人来到了位于熊猫星球地下的秘密基地之中。为了拯救熊猫一族，太空熊猫需要找到失传多年的秘密神器，与此同时，鼠司令亦在寻找神器，它想要利用神器的力量获得统一宇宙的无上权力。两方人马展开了对于神器的你争我夺，鼠司令生来阴险狡诈...

经过上百万年的进化，熊猫一族经历了无数艰难险阻，走到今天。虽然濒临灭绝的熊猫接受了人类的细心呵护，但是一场史无前例的灾难即将席卷它们的栖息地，狂风暴雨会引发洪水，毁灭熊猫一族。担心子孙的命运，祖先们向熊猫菩萨（赵忠祥 配音）请教，菩萨预言将有一只继承了祖先们智慧的超级熊猫降生，拯救本民族的命运。与此同时，森林中名叫潘迪（何炅 配音）的小熊猫诞生，此时此刻他还并不知晓自己所肩负的使命。　　调皮顽劣...